Túc Tông lên ngôi, phong Hoàng trưởng tử Quảng Bình vương Lý Thục làm Thiên hạ binh mã nguyên soái, chỉ huy tối cao của các đội quân trong nước, và Lý Tĩnh Trung làm phụ tá cho Lý Thục với danh hiệu Thái tử gia lệnh (mặc dù khi đó Quảng Bình vương chưa chính thức là thái tử), và Nguyên soái phủ hành quân tư mã. Túc Tông thường bàn với Tĩnh Trung những đại sự quan trọng, và Tĩnh Trung trở thành người phụ trách các biểu thư quan trọng, cũng như quyền chỉ huy quân đội. Nhà vua cũng đổi tên của ông thành Lý Hộ Quốc. Vào thời điểm đó, Hộ Quốc ăn chay và tụng kinh lễ Phật theo cách của nhà sư; hơn thế nữa mỗi khi rãnh rỗi ông đều cầu nguyện, nên người ta từng cho ông là người nhân từ. Sau đó, vua Túc Tông, vẫn còn đang chống quân Yên, dời hành tại từ Linh Vũ đến Phượng Tường[6] vào màu xuân năm 757, cho Hộ Quốc thăng lên làm Thái tử chiêm sự, cải tên là Phụ Quốc.

Khi đó Lý Phụ Quốc liên minh với sủng thiếp của Túc Tông là Trương thục phi, chống lại Kiến Ninh vương Lý Đàm và cố vấn cho vương là Lý Bí. Lý Đàm thường mắng chửi bọn họ Trương và họ Lý lộng quyền, và muốn trừ khử hai người, mặc cho lời khuyên của Lý Bí. Phụ Quốc và thục phi bèn ra tay trước, vu cáo cho Kiến Ninh vương mưu hại trưởng huynh là Quảng Bình vương. Túc Tông trong cơn tức giận đã buộc Kiến Ninh vương phải chết[7]. Quảng Bình vương do vậy cũng sinh ra lo sợ sẽ bị gièm pha, nên muốn giết chết Trương thục phi để trừ mối hậu họa, nhưng cuối cùng nghe theo lời của Lý Bí nên chưa hành động.

Quân nhà Đường do Quảng Bình vương chỉ huynh liên minh với Hồi Hột, tiến chiếm lại quốc đô Trường An năm 757, sau đó Túc Tông và Thượng hoàng trở về Trường An. Lý Phụ Quốc được phong tặng nhiều chức hàm, quản lý phần nhiều sổ sách của triều đình; và còn được ban là Khai phủ Nghi đồng tam tư, tước Thành quốc công. Các quan có đề xuất gì dâng lên đều phải qua tay Phụ Quốc trước, ông lập ra một nhóm người ăn cánh để bới móc lỗi của các quan. Rất nhiều chính vụ do Phụ Quốc thao túng, nhiều khi còn giả mệnh của Túc Tông để đảo ngược các ý chỉ đã ban. Trong triều không ai dám nhìn thẳng mặt, gọi thẳng tên của Phụ Quốc, thay vào đó gọi ông ta là "cậu Năm", một từ ám chỉ thân phận của Phụ Quốc từ kẻ nô lệ trở thành người nắm quyền, và cũng do đây có thể suy luận rằng Phụ Quốc là con trai thứ năm trong gia đình. Đến cả tể tướng Lý Quỹ cũng phải nịnh bợ ông, gọi là Ngũ phụ. Túc Tông ban cho Lý Phụ Quốc cháu gái của Nguyên Hi Thanh làm vợ (dù chỉ trên danh nghĩa), và thăng chức cho Hi Thanh.

Năm 759, Lý Hiện làm tướng, bí mật thu thập những chứng cứ dối vua lộng quyền của Phụ Quốc dâng lên Túc Tông. Túc Tông không nghe, ra chỉ nói những việc làm chỉ Phụ Quốc đều theo ý của triều đình, không hề có sự lộng quyền. Từ đó Phụ Quốc ghét Lý Hiện. Cuối năm đó khi hai bên xảy ra một tranh chấp nhỏ, Phụ Quốc gièm với Túc Tông rằng Lý Hiện đang muốn chiếm quyền hành, nên Túc Tông lưu đày ông ta.

Sau khi trở về Trường An, Thái Thượng hoàng sống ở cung Hưng Khánh, gần khu dân cư, khi người đi đường thấy ông đều dừng lại mà bái vọng. Đôi khi Thượng hoàng còn sai Cao Lực Sĩ lấy một số thức ăn ban cho họ, nên được tung hô. Cao Lực Sĩ cùng Trần Huyền Lễ vẫn theo hầu bên cạnh, và còn có em gái của Thượng hoàng là Lý Trì Doanh (Công chúa Ngọc Chân), thị nữ Lưu Tiên Viện và các hoạn quan Vương Thừa Ân, Ngụy Duyệt... Lý Phụ Quốc nhân đó gièm pha với Túc Tông, xin giam lỏng Thượng hoàng lại để tránh hậu hoạn, Túc Tông tuy nhiên lại không theo. Năm 760, Túc Tông mắc bệnh, Phụ Quốc liên kết với Trương hoàng hậu, nhân Thượng hoàng ra cưỡi ngựa, Lý Phụ Quốc ép buộc ông phải trở về cung điện, không lâu sau giả lệnh Túc Tông, xin Thượng hoàng đến Tây Nội bàn việc. Khi sắp tới Tây Nội, Thượng hoàng thấy Lý Phụ Quốc mặc võ phục, đeo kiếm, dẫn mấy trăm quân sĩ, vác thương, cầm kiếm, xếp hàng hai bên đường, nên lo sợ. Cao Lực Sĩ mắng Lý Phụ Quốc, do đó Phụ Quốc phải chịu xuống ngựa dẫn Thượng hoàng đến Tây Nội. Sau đó Phụ Quốc giả cách nói Túc Tông bị bệnh không đến thỉnh an được, rồi giữ Thượng hoàng ở điện Cam Lộ điện bên trong Tây Nội[8].

Sau đó, Lý Phụ Quốc cùng hoàng hậu lập mưu hãm hại, vu khống Cao Lực Sĩ rồi đày ông ta đến Ba Thục, Ngọc Chân công chúa cũng bị bắt về đạo quán (Công chúa xuất gia tu đạo từ năm 711). Thượng hoàng do đó rơi vào cảnh cô đơn, không có ai bầu bạn, cuối cùng sinh ra bệnh trầm cảm. Túc Tông sai hai công chúa con gái mình đến an ủi nhưng Thượng hoàng vẫn cứ u sầu, rồi từ chối không chịu ăn thịt nữa mà chỉ ăn chay. Túc Tông biết chuyện, rất tức giận, muốn giết Lý Phụ Quốc, nhưng khi đó Lý Phụ Quốc nắm hết binh quyền trong tay, Túc Tông không làm gì được. Tác phẩm Tùy Đường diễn nghĩa có dẫn bài từ về sự lộng quyền của bọn Trương hậu và Phụ Quốc và bi kịch những năm cuối đời của Đường Minh Hoàng như sau

Hoạn quan kết bè cùng hoàng hậuKhiến triều Đường điên đảo đắng cayVua tôi họ Lý đọa đàyCha con xa cách, tớ thầy vấn vơTình thăm viếng sớm hôm lỗi đạoLời gửi thưa thô bạo lăng loànTuổi già lòng những héo honCảnh xưa lại nhớ thở than một mình[9]

Năm 761, Lý Phụ Quốc được phong làm Thượng thư bộ Binh, song vẫn chưa thể làm tể tướng; bởi vì Túc Tông lo ngại binh quyền của ông quá lớn, làm tướng rồi thì không còn kiềm chế được nữa. Phụ Quốc thuyết phục cố tướng Bùi Miện tiến cử mình. Túc Tông nói chuyện này với tể tướng Tiêu Hoa rằng nếu một đại thần cố cựu như Bùi Miện đã lên tiếng thì nhà vua không thể không thuận cho Phụ Quốc làm tể tướng. Tiêu Hoa cố gắng thuyết phục thành công Bùi Miện không để cho Phụ Quốc làm tướng. Do vậy suốt đời Túc Tông, Phụ Quốc không có được tướng vị. Năm 762, Lý Phụ Quốc tố cáo Tiêu Hoa chuyên quyền và muốn phế tướng vị. Túc Tông đành phải nghe theo, giáng Tiêu Hoa làm Lễ bộ thượng thư, phong Kinh Triệu doãn Nguyên Tái làm Tể tướng thay cho Tiêu Hoa[10].